Có một số chỉ trích đối với Công ước này, rằng Công ước phải chịu trách nhiệm cho việc làm tiếp diễn các ca tử vong do sốt rét gây ra. Tuy nhiên trong thực tế, Công ước đã quy định cụ thể là cho phép dùng chất DDT để kiểm soát muỗi (trung gian truyền bệnh sốt rét) vì mục tiêu sức khỏe cộng đồng.[6][7][8][9] Từ giác độ các quốc gia đang phát triển, việc thiếu dữ liệu và thông tin về nguồn gốc, sự thải cũng như các mức độ ảnh hưởng tới môi trường của các chất ô nhiễm hữu cơ khó phân hủy chính là các nguyên nhân gây vướng mắc các cuộc đàm phán, từ đây cho thấy nhu cầu lớn về nghiên cứu.[10][11]